本发明公开了一种中空薄壁管件旋拧设备及其运行方法,包括电机、减速机、卡盘、下装卡机构、下堵头机构、灌砂装置;电机和减速机固定在立式机架的一侧,减速机连接第一连接板,第一连接板通过连杆与第二连接板连接,第二连接板下表面固定设置卡盘;在立式机架的光轴和丝杠上设置有第一升降架和第二升降架,第一升降架固定设置下装卡机构,第二升降架固定设置下堵头机构;灌砂装置包括漏斗、储砂灌和软管,漏斗通过滑轨滑动连接在第一连接板和第二连接板之间的连杆上,储砂灌固定在立式机架上,储砂灌下端与软管连接;使用时,将薄壁方管装卡在卡盘和下装卡机构上,下堵头机构封堵薄壁方管下端口,通过灌砂装置向其内部注入铁砂,进行扭拧加工。